Ursprünglicher Einsatzzweck der digitalen Signatur ist die sichere Übertragung von Nachrichten und das Unterbinden von Nachrichten- oder Datenmanipulation; unabhängig davon, ob diese unfreiwillig oder mit Absicht geschieht. Zur Verschlüsselung der digitalen Signatur dient die so genannte PGP-Methode. PGP ist eine Software und die Abkürzung für „Pretty Good Privacy“. Hiermit werden Emails verschlüsselt und Signaturen erstellt. Auch im medizinischen Bereich werden Signaturen verwendet; beispielsweise für elektronische Rezepte oder Arztpapiere. Zudem dienen sie als Beweisstück vor Gericht durch Vorhandensein eines so genannten Zeitstempels. Darüber hinaus dienen sie der Arbeitserleichterung bei der Datenarchivierung, was als Revisionssicherheit bezeichnet wird.
Mit der digitalen Signatur ist auch die sichere Übertragung von Daten bei der elektronischen Steuererklärung (ELSTER) gewährleistet, ebenso wie auch online-basierte Wahlen oder Behördengänge.
Auch das traditionelle und seit Jahrhunderten bestehende Grundbuch enthält ggf. eine digitale Signatur bzw. eine elektronische Signatur oder befinden sich just im Aufbau. Die Verantwortlichkeit liegt bei den jeweiligen Bundesländern. Auf diese Signaturen haben zum Beispiel Notare oder Gerichte lesend uneingeschränkt Zugriff; Immobilienbesitzer können lediglich eingeschränkt Zugriff auf die signierten Einträge erhalten.
In der Bankbranche ist die Priorität der digitalen Signatur besonders hoch. Die digitale Signatur und auch die elektronische Signatur sichern die Daten beim Austausch zwischen Banken oder auch bankintern, zwischen internationalen Banken und natürlich auch beim Home- bzw. Online-Banking. Darüber hinaus erfüllt die digitale Signatur ihren sicheren Verschlüsselungszweck beim Datenaustausch innerhalb des Aktien- und Wertpapierhandels.
Besonders im Gesundheitswesen hat die digitale Signatur ihren Wirkungskreis gefunden. Geplant ist die Einführung der digitalen Signatur bei den bereits „eingebürgerten“ Chipkarten der Krankenkassen. Darüber hinaus gilt ihre Funktion auch innerhalb der Krebsforschung im Bezug auf die geteilte Pflege.